El área de proyectos supuso y propuso, por un lado, un cambio en la relación entre el museo y su forma de acción para con nuestros usuarios, y por otro, una vía para mejorar los estándares de conservación con los que cuidar las colecciones. Ambas acciones se enmarcan como prioritarias y son la "misión", por así decirlo, del área de proyectos.  En la actualidad se materializan en dos iniciativas: el proyecto de Digitalización y los Proyectos de Conservación.

Mientras que el museo desde sus inicios se ha constituido únicamente a través de la interpretación y análisis de los objetos en el contexto de exhibiciones, es decir, por medio de  la observación directa del objeto en el marco de una propuesta de exhibición, perspectiva aún en uso y valorada enormemente, el proyecto de digitalización avanza hacia una noción de museo articulado en torno a la reflexión y estudio de la historia que permiten los medios digitales y el acceso a Internet. Se propone un usuario/visitante ya no como espectador pasivo, sino un agente activo en un proceso educativo que puede recurrir a los medios digitales y convencionales en busca de respuestas. No suponemos con ello la respuesta a todas problemáticas que se originan en la relación museo-visitante, pero si un avance que dejará, en un futuro no muy lejano, al alcance de cualquier interesado nuestro patrimonio.

Por otro lado dese que se estableció el área de proyectos, su principal meta fue el conseguir recursos para mejorar los estándares de conservación de las colecciones, su primer logro oficial: el Proyecto ADAI. Con ello se dio partida a un proceso que deberá continuar hasta que el 100% del acervo del museo alcance un nivel adecuado. En seguida, se pudieron materializar otras iniciativas bajo el aporte de CNCA proyectos Fondart y otras instancias en alianza con otras entidades relativas al área de la Salud: La escuela de Salud Pública y la exposición del Seguro Obrero y la Historia del Hospital Roberto del Rio que se traduce en una exposición itinerante y un libro.