El Museo Nacional de Medicina tiene por misión proteger el patrimonio vinculado a la medicina en Chile a través de su acopio, conservación, investigación y difusión. Considera un deber satisfacer  el acceso a la información de la comunidad, nacional e internacional poniendo a disposición de las personas sus colecciones, con el fin de colaborar en la comprensión del desarrollo técnico, social y cultural de la asistencia médico hospitalaria en Chile.

Sus metas mediatas, son poseer colecciones (objetos, libros, documentos y fotografías) catalogadas, conservadas y accesibles, que permitan a la comunidad acercarse a lo que ha sido el desarrollo de la historia de la salud, aportando las medidas necesarias a nivel de infraestructura y material, para poder hacer efectivos los objetivos planteados.

Pretende conservar y registrar, conforme estándares profesionales, la colección de objetos que ha recopilado durante su historia para permitir que la comunidad toda pueda beneficiarse de este patrimonio, estudiándolo, observándolo e investigándolo.